《怪城》讲述了一对双胞胎兄妹溜溜和跳跳的奇遇他们在好奇心的驱使下，不小心碰翻了爸爸新研制的超基因微缩剂，变成了小小人。被蝙蝠精发现后，蝙蝠精把他们抓到了鼠妖的洞穴里。鼠妖作恶多端、身怀妖术，妄图统治人类。当它看到变小了的兄妹俩时，突发奇想，企图从他们口中获得变小的秘方，就可以学孙悟空变小钻进铁扇公主肚子里的办法，达到统治人类的目的。为了得到超基因微缩剂的秘方，鼠妖使出所有阴谋诡计和阴险狡猾的手段，向兄妹俩展开全面进攻。鼠妖指使蝙蝠精、毒刺猬把兄妹俩骗入“怪城”。“怪城”里有许多小城，里面住的全是矮人。“怪城”里有许多稀奇古怪的事，这里也是鼠妖兴妖作怪向兄妹俩全面进攻的地方。兄妹俩经受了“怪城”里的种种考验，与鼠妖斗智斗勇，没有泄露超基因微缩剂的绝密，避免了人类的大灾难。以鼠妖为首的坏蛋，最后也受到了应有的惩罚。全片夸张荒诞、寓意深刻、高潮迭起、想象丰富，是一部童趣十足的影片。
